De Gereformeerde Kerk in Haren was van oudsher onderdeel van de Gereformeerde Kerken in Nederland, net als de Gereformeerde Kerk in Onnen.
Sinds 1 mei 2004 zijn de Gereformeerde Kerken in Nederland, samen met de Nederlandse Hervormde Kerk en de Evangelisch-Lutherse Kerk opgegaan in de Protestantse Kerk in Nederland (www.pkn.nl). In datzelfde jaar zijn ook de Gereformeerde Kerken in Haren en Onnen gefuseerd.

Sindsdien maakt de Gereformeerde Kerk Haren-Onnen deel uit van de landelijke PKN, net als de Hervormde Gemeente Haren-Onnen, waarmee we veel samenwerken. We onderhouden ook goede contacten met diverse andere kerkgenootschappen in en om Haren, bijvoorbeeld met de Protestantse Gemeente Noordlaren-Glimmen.